جامعہ گیلانیہ میں بفضل اللہ تعالیٰ عظیم الشان بڑا کتب خانہ بھی موجود ہے، جس میں روز بروز کتب کا اضافہ ہوتا رہتا ہے، اس وقت تفسیر حدیث اصول حدیث تحقیق تخریج مسانید و زوائد علم الکلام فقہ تصوف فلسفہ علم الرجال تاریخ وغیرہ علوم و فنون پر مشتمل اہم ترین کتب و رسائل موجود ہیں جس سے طلبہ و طالبات علمی پیاس بجھاتے ہیں